Podle dochovaných pramenů byla výuka ve škole v Mistříně zahájena nadační listinou ze dne 23.6. 1788. Byla zřízena jednotřídní triviální škola. Místní škola byla školou farní. Měla jednu učebnu. Počet dětí byl velmi vysoký 137 dětí školou povinných z Mistřína, ze Svatobořic 120 dětí. V roce 1867 byla škola v Mistříně rozšířena na dvoutřídní. V roce 1901-1902, kdy škola měla 239 žáků, došlo k rozšíření na trojtřídku.
Škola ve Svatobořicích byla postavena v roce 1906 a navštěvovali ji žáci 1.-5. ročníku. Žáci 6.-9. ročníku docházeli do školy v Kyjově. Dne 4.9. 1949 byla slavnostně otevřena a vysvěcena nová budova Národní školy v Mistříně. Patřila v té době svým uspořádáním a vybavením mezi nejmodernější v kraji a byla stavěna pro žáky I. stupně, tedy 1.-5. ročníku tehdy samostatné obce Mistřín. Žáci 6.-9. ročníku obce Mistřín navštěvovali školu v Šardicích.
1. července 1964 byly obce Svatobořice a Mistřín sloučeny v jeden celek. Od 1.9. 1964 byla spojena neúplná základní devítiletá škola v Mistříně s neúplnou ZDŠ ve Svatobořicích v jednu úplnou Základní devítiletou školu ve Svatobořicích-Mistříně. Dosavadní prostory obou školních budov byly pro větší počet dětí nedostatečné, musela být proto pro výuku upravena další budova. Škola měla 16 tříd, 506 žáků, žáky vyučovalo 16 učitelů. Učilo se ve třech budovách - v Mistříně, U Dvora a Na Barácích. Před zahájením školního roku 1965-66 byly provedeny adaptace dílen při ZDŠ v Mistříně. Tato budova se stala čtvrtou budovou školy, v níž probíhala výuka žáků. V roce 1984 byla dokončena samostatná budova školní jídelny. Tato budova byla propojena s budovou školy tzv. krčkem ve školním roce 1994-95.
Rozsáhlé opravy byly prováděny i v tělocvičně. Venkovní prostory doznaly také velkých úprav. Pro zkvalitnění výuky tělesné výchovy bylo vybudováno asfaltové hřiště. V dalších dvou letech byla vybudována běžecká dráha 60 m a doskočiště pro skok daleký.
V průběhu školního roku zesílily snahy o realizaci přístavby ZŠ. Toto velké úsilí jak vedení ZŠ tak i vedení MNV o zařazení přístavby školy do plánu staveb okresu opět nebylo zakončeno úspěšně. V dalším období bylo provedeno velké množství oprav, přebudován školní pozemek , vyčleněna okrasná zahrada, zbudován velký foliovník, ... V tomto školním roce proběhla oslava 200. výročí zahájení výuky v Mistříně. V prostoru před ředitelnou byla vybudována stálá výstavka prací, výrobků, osobních předmětů a dalších historických materiálů vztahujících se k internačnímu táboru, který byl zřízen v naší obci v letech 1942-1945.
Následující léta lze charakterizovat výrazným modernizačním trendem . Jednalo se především o výpočetní techniku, videotechniku, kopírovací stroje. Cílem bylo předat žákům co nejrychleji základní informace, znalosti a dovednosti z této oblasti. Z tohoto důvodu značná část finančních prostředků směřovala do zavádění, rozšiřování a modernizace výpočetní techniky. První počítač s jehličkovou tiskárnou získala škola v roce 1991-92. Byla vybudována počítačová třída, obec zakoupila 8 počítačů, třídu vybavila stoly. Osm učitelů absolvovalo kurz výpočetní techniky. Ochrana majetku školy byla zajištěna bezpečnostním systémem. V roce 1996 byl vyhlášen konkurz na ředitele základní školy. Postavení ředitele znovu obhájil Mgr. Miroslav Mendl.
Pokračovala modernizace počítačové učebny a vroce 1996/97 byla zahájena výuka nového povinně volitelného předmětu Práce na počítači pro žáky 7.-9. ročníku. 18.12. 1997 vstoupila základní škola do sítě Internetu. V roce 1998/99 pokračovala modernizace počítačové učebny.
Již v roce 1964 po sloučení obcí se objevila potřeba přístavby ZŠ. Celá řada pokusů o zahájení přístavby byla úspěšně zakončena po dlouhých 35 letech, kdy Parlament ČR schválil dodatečně zařazení přístavby školy a tělocvičny ve Svatobořicích-Mistříně do rozpočtu ČR na rok 1999. Položení základního kamene přístavby ZŠ, původně plánované na 4. září 1999, muselo být kvůli neuzavřenému výběrovému řízení odloženo, nový termín byl stanoven na prosinec. Současně s výstavbou nové části probíhala v roce 2000 i rekonstrukce stávající budovy školy v Mistříně. Velká pozornost byla věnována také vnitřnímu vybavení školy. V jarních měsících byly zahájeny i venkovní práce, terénní úpravy okolí školy, osvětlení, autobusová zastávka a výsadba. Na řadu přišla i generální oprava sportovišť za školou. Víceúčelová plocha byla rozšířena na 40x26 m a pokryta umělým trávníkem. Bylo vybudováno doskočiště pro skok daleký, čtyřdráha na 60 m a sektor pro vrh koulí s umělým povrchem z materiálu conipur. V době letních prázdnin pokračovala rekonstrukce staré budovy dalšími úpravami interiérů. Dokončena byla i nová budova, takže se mohlo přistoupit k vybavení prostor nábytkem. V polovině měsíce srpna proběhla kolaudace a předání stavby uživateli.
2. září 2001 byla nová škola slavnostně otevřena.
Mistřín
První zmínka o Mistříně je ze 13. století, kdy král Přemysl I. udělil různá privilegia a klášteru velehradskému. V této době však nestál Mistřín na místě jako nyní, ale asi o 1 km dál na severozápad v místech, která se podnes nazývají Staré Mistříny. Za války česko-uherské byl tento původní Mistřín zpustošen a jeho obyvatelé založili poněkud jižněji Nový Mistřín a to pravděpodobně v místech poblíž tehdy ještě zachovalého kostela na Kostelíkách. O tomto Novém Mistříně existuje písemný záznam už okolo roku 1536. Ani na tomto místě se obec dlouho netěšila pokojnému životu. Dne 1.června 1605 byla znovu vypálena a to od uherských povstalců , kteří vpadli na Moravu. Ve válce třicetileté byla obec zničena úplně a to podruhé. Obyvatelé, kteří zůstali, postupně budovali svou osadu potřetí a to mezi oběma dřívějšími místy, kde stojí dodnes. Bylo to okolo roku 1656. Roku 1687 zemřel poslední mužský člen rodu pánů ze Zástřizel a Mistřín se stal majetkem Františka Libštejna z Kolovrat. Roku 1888 se dostal mistřínský statek do rukou hrabat Seilernů, kteří je drželi až do parcelace v roce 1924.
Svatobořice-Mistřín
Původně dvě obce se v roce 1964 sloučily. V obci je barokní kostel z roku 1743, socha sv. Floriána z roku 1745, dílo vídeňského sochaře J. K. Schletterera, který vytvořil sochařskou výzdobu před milotickým zámkem, sousoší sv. Anny z roku 1791 od jeho žáka Ondřeje Schweigla, sochaře z Brna. Dvě kamenné hlavy s podobou starořímského boha Januse s dvěma tvářemi z poloviny 17. století- “svatoborské opice”. Nejstarší dochovanou stavbou v obci je zvonice z roku 1719. Stavbou základní školy ve Svatobořicích naproti dvora byla dokončena a zahájeno vyučování v roce 1906 (90 let). Na místě dnešní textilky byl za druhé světové války internační tábor. Stálá výstava prací vězňů je nyní v základní škole.